USAK araştırma faaliyetlerini merkezleri aracılığıyla yürütmektedir. Şu anda 6 ayrı merkezde bu çalışmalar sürdürülmektedir.
Merkezler merkez direktörleri tarafından koordine edilmektedir. USAK IT Merkezi tarafından ve diğer USAK imkanlarıyla desteklenen merkezlerin kendi içlerinde alanları ile ilgili birer kütüphane oluşturma çalışmaları da sürmektedir.
Merkezler çalışmalarını USAK yayınları dışında saygın ulusal ve uluslararası yayın organlarında da sürdürmektedirler. Bilimsel yayınlar dışında merkezler düzenli olarak alanlarında anketler düzenler, uygulamaya yardımcı olmak üzere raporlar hazırlar. Bilimsel ve popüler toplantılar da bir diğer faaliyet alanıdır. Araştırma merkezlerinin bir diğer işlevi ise kamuoyunun ve medyanın bilgilendirilmesidir.
USAK araştırma merkezleri şunlardır:
- USAK Avrupa Birliği Araştırmaları Merkezi (USAK-ABAM)
- USAK Uluslararası Güvenlik, Terörizm ve Etnik Çatışmalar Merkezi (USAK-UTEM)
- USAK Ortadoğu Araştırmaları Merkezi (USAK-ODAM)
- USAK Uluslararası Hukuk Araştırmaları Merkezi
- USAK Orta Asya ve Kafkasya Araştırmaları Merkezi
- (USAK-OKAM) USAK Sosyal Araştırmalar Merkezi (USAK-SAM)
- USAK Çevre Araştırma Merkezi (USAK-ÇAM)
- USAK Deniz Ve Su Hukuku Araştırmaları Merkezi (USAK-DESHAM)
- USAK Ekonomik Araştırmalar Merkezi (USAK-EKAM)
